Obwohl homöopathische Mittel keine giftigen Nebenwirkungen haben, kann es bei unsachgemäßer Anwendung trotzdem zu Nebenwirkungen kommen. Homöopathische Arzneien sollten deshalb nur unter Anleitung eines ausgebildeten Homöopathen eingenommen werden. Von Selbstbehandlung, Einnahme von homöopathischen Mischmitteln (Komplexmittel) und besonders Hochpotenzen (C-Potenzen) ist deshalb dringend abzuraten.
In der Homöopathie zählen jedoch die Nebenwirkungen meist zu den beabsichtigten Wirkungen der Arznei. Da bei der Verordnung das Gesamtbild des Mittels miteinbezogen wurde, gibt es in der Homöopathie bei korrekter Anwendung keine Nebenwirkungen im eigentlichen Sinne. So kann der Körper Symptome produzieren, die entweder der Entlastung des Gesamtorganismus dienen, wie Schuppenbildung oder Durchfall, oder aber er ruft dem Patienten altbekannte Symptome ab, die im früheren Krankheitsverlauf schon aufgetreten waren und unter Umständen unterdrückt worden waren.
Bei längerer unsachgemäßer Einnahme eines Mittels kann es jedoch zu unangenehmen Nebenerscheinungen kommen, und zwar als ungewollte Arzneimittelprüfung. Ebenso dürfen sehr giftige Substanzen nicht über längere Zeit in niedrigen Potenzen eingenommen werden.
Nur selten reagieren Patienten mit neuen, unbekannten Symptomen auf ein homöopathisches Arzneimittel, insbesondere wenn die Mittelwahl nicht genau passend war. Diese Symptome verflüchtigen sich jedoch meist nach relativ kurzer Zeit von selbst.